食用菌中重金属的来源主要包括栽培环境和基质。栽培环境是指栽培过程中的灌溉水（如自来水、河塘水等）和覆土材料（一般为就地取的河泥、泥炭、菜园土等）；栽培基质主要包括秸秆、稻草、牛粪等废弃物以及少量过磷酸钙、石膏等。

对食用菌中含有的重金属应分以下情况客观看待：（1）只有个别食药用菌对某种重金属有较强吸收能力，如研究发现食药用菌姬松茸对镉有较强吸收能力，而其他常见食用菌则无此现象。（2）吸收能力强并不代表重金属含量高，只有栽培环境和基质重金属含量过高时才有可能造成食用菌重金属含量偏高。（3）野生食用菌生长环境不受控，如果生长环境受到矿场、煤电厂、电镀厂等工矿企业污染，则有可能造成其重金属含量偏高。（4）人工栽培的食用菌，其栽培环境和基质质量可控，因此不易造成重金属含量超标。（5）根据近年来国家有关部门对食用菌重金属含量的持续监测，市场上销售的食用菌不存在重金属安全风险。